Institut za ekonomiku poljoprivrede osnovan je odlukom Vlade FNRJ, avgusta 1949. godine. Tokom svog postojanja, kao jedna od najstarijih i najuglednijih naučnoistraživačkih organizacija u sektoru poljoprivrede u zemlji, kontinuirano je pratio ekonomske probleme agrara, analizirajući ih i dajući predloge za uspešan razvoj ovog važnog sektora nacionalne ekonomije. U početku, najveći deo aktivnosti Instituta odnosio se na poslove realizovane za potrebe tadašnjeg Saveta za poljoprivredu a potom se uspostavlja saradnja sa zadrugama i kombinatima i otpočinje intenzivan terenski i naučnoistraživački rad.
Više od 650 projekata realizovano je u Institutu tokom 70 godina naučno-istraživačkog rada u većem broju oblasti istraživanja na makro i mikro ekonomskom nivou.
Značaj regionalnih istraživanja uočen je u Institutu tokom 50-tih godina. Iz njih su proizašle brojne studije, planovi i programi razvoja regiona i lokalnih zajednica, posebno u manje razvijenim i planinskim oblastima zemlje.
Tokom 70-tih godina Institut se angažuje u primenjenim istraživanjima, posebno u istraživanjima realizovanim u saradnji sa Međunarodnom bankom za obnovu i razvoj (IBRD). Brojni regionalni investicioni projekti, predinvesticione studije i analize tržišta za poljoprivredna preduzeća realizovani su u tom periodu.
Preduzeća iz oblasti poljoprivrede i prehrambene industrije korisnici su usluga Instituta, naročito u oblastima: izrade konkretnih investicionih elaborata i tehničke dokumentacije, procene vrednosti kapitala, uvođenja standarda kvaliteta i dr.
Razvijena je i izdavačka delatnost, a u svom radu Institut za ekonomiku poljoprivrede je značajnu pažnju posvećivao razvoju naučnog kadra, podstičući usavršavanje mladih saradnika i njihovo napredovanje. On je u izvesnom smislu postao rasadnik kadrova za druge institute, fakultete i veća preduzeća iz oblasti agrobiznisa.